i18n.right_contact_us.contact_us
EZ-editor™ Gene Knockout Cell Line Strategy

Senp1 Gene Knockout Strategy

EZ-editor™ technology (CRISPR based), developed by Ubigene, is more efficient than general CRISPR/Cas9 technology in double-strand breaking and homologous recombination. With EZ-editor™, Ubigene has successfully edited over 10000 genes on more than 500 types of cell lines.
Objective
To create a Rat Senp1 Knockout model in cell line by EZ-editor™-mediated genome engineering.
Target gene info
Official symbol
Senp1
Gene id
300193
Organism
Rattus norvegicus
Gene type
protein-coding
Official full symbol
SUMO specific peptidase 1
Genomic regions
Chromosome 7
Strategy Summary
This gene has 22 protein coding transcripts:
Transcript Length(nt) Protein Length(aa) Protein name Transcript type Transcript name ccds
XM_039080358 6215 XP_038936286 692 sentrin-specific protease 1 3 transcript variant X10
XM_039080359 6216 XP_038936287 692 sentrin-specific protease 1 3 transcript variant X9
XM_063264363 6169 XP_063120433 640 sentrin-specific protease 1 3 transcript variant X18
XM_063264361 6247 XP_063120431 666 sentrin-specific protease 1 3 transcript variant X15
XM_008765850 6205 XP_008764072 652 sentrin-specific protease 1 3 transcript variant X17
XM_008765848 6283 XP_008764070 678 sentrin-specific protease 1 3 transcript variant X12
XM_063264359 6289 XP_063120429 680 sentrin-specific protease 1 3 transcript variant X11
XM_017595317 6325 XP_017450806 692 sentrin-specific protease 1 3 transcript variant X7
XM_063264362 6175 XP_063120432 664 sentrin-specific protease 1 3 transcript variant X16
XM_063264360 6211 XP_063120430 676 sentrin-specific protease 1 3 transcript variant X13
XM_063264358 6289 XP_063120428 702 sentrin-specific protease 1 3 transcript variant X5
XM_017595314 6331 XP_017450803 716 sentrin-specific protease 1 3 transcript variant X2
XM_039080356 6382 XP_038936284 724 sentrin-specific protease 1 3 transcript variant X1
XM_039080357 6329 XP_038936285 692 sentrin-specific protease 1 3 transcript variant X8
XM_008765849 6170 XP_008764071 672 sentrin-specific protease 1 3 transcript variant X14
XM_008765844 6284 XP_008764066 710 sentrin-specific protease 1 3 transcript variant X4
XM_017595315 6290 XP_017450804 712 sentrin-specific protease 1 3 transcript variant X3
XM_017595316 6248 XP_017450805 698 sentrin-specific protease 1 3 transcript variant X6
XM_063264364 6114 XP_063120434 467 sentrin-specific protease 1 3 transcript variant X19
XM_063264365 6023 XP_063120435 467 sentrin-specific protease 1 3 transcript variant X20
XM_039080360 5599 XP_038936288 467 sentrin-specific protease 1 3 transcript variant X21
XM_039080361 2797 XP_038936289 393 sentrin-specific protease 1 3 transcript variant X22
Frame-shift
Fragment A
Fragment B
Strategy

综合难度评估

根据源井生物红棉数据库显示:CRISPR基因编辑方案未知,
KO项目综合难度评估为:未知
EZ-editor™基因风险评估
EZ-editor™基因表达量
EZ-editor™基因拷贝数

EZ-editor™基因风险评估

评估结果

Senp1基因在0%的细胞中属高风险, 由于您未选择具体细胞,我们无法提供精准分数,仅供参考。

基因致死分数

Dependent Cell Lines Gene Dependency 0 0.5 1

不同细胞中Senp1基因致死分数

0.2%>0.5
所有细胞
0
非致死基因
0.5
界限
1
致死基因

EZ-editor™基因表达量

表达结果

Senp1基因在 所有细胞中有 55.6%细胞低表达, 44.4%细胞中表达, 由于您未选择具体细胞,我们无法提供精准分数,仅供参考。

基因的表达量

Cell Lines Frequency log2(TPM+1) 0 2 4 6 8 10 12

不同细胞中Senp1基因表达量TPM

55.6%44.4%
所有细胞
0~0.5
不表达
0.5~10
低表达
10~1000
中等
>1000
高表达

EZ-editor™基因拷贝数

评估结果

Senp1基因在 所有细胞中有 57.5%细胞拷贝数较低, 37.9%细胞拷贝数中等, 4.6%细胞拷贝数较高, 由于您未选择具体细胞,我们无法提供精准拷贝数,仅供参考。

基因的拷贝数

Copy number 0 1 2 3 4 5 6 7 0 100 200 300 400 500 600Cell Lines

不同细胞中Senp1基因拷贝数

57.5%37.9%4.6%
所有细胞
0~2
低拷贝数
2~4
中拷贝数
>4
高拷贝数
Work flow
Ubigene Red Cotton Workflow

“源”于此,不止于此

源井生物是一家专注于细胞基因编辑的国际化高新技术企业,独家CRISPR-U™专利技术,编辑效率较传统方法高出10-20倍,可轻松完成细胞的基因敲除、点突变与敲入。基于CRISPR-U™技术,源井生物已积累300多种细胞(含iPS/ES)超6000个基因编辑的成功案例,并拥有5000+KO细胞资源库和上万条 gRNA载体现货库。

源井生物注重技术创新和产品开发,其覆盖基因编辑全流程的EZ-editor™系列产品仍在不断完善,向着“让基因编辑更简单”的企业目标砥砺前行,永不止步!

相关细胞产品

其他产品推荐

EZ-editor™基因敲除试剂盒
精选载体,保障切割,鉴定加速4周
点击查看>
EZ-editor™单克隆基因型鉴定试剂盒
免抽提,50个cell即可鉴定
点击查看>
EZ-editor™慢病毒包装试剂盒
精研质粒配比,滴度有保障
点击查看>
转染专用培养基(Hela)
无惧转染损伤,效率高达90%
点击查看>
单克隆专用培养基(Hela)
克隆形成率高达30%
点击查看>
EZ-cryo™细胞冻存液
无血清,非程序,复苏活率超90%
点击查看>
温馨提示

红棉系统新技能上线啦!基因风险评估:“火眼金睛”辨基因,致死风险一秒知。评估结果可在Red Cotton Assessment模块查看哦。