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EZ-editor™ Gene Knockout Cell Line Strategy

PADI4 Gene Knockout Strategy

EZ-editor™ technology (CRISPR based), developed by Ubigene, is more efficient than general CRISPR/Cas9 technology in double-strand breaking and homologous recombination. With EZ-editor™, Ubigene has successfully edited over 10000 genes on more than 500 types of cell lines.
Objective
To create a Human PADI4 Knockout model in cell line by EZ-editor™-mediated genome engineering.
Target gene info
Official symbol
PADI4
Gene id
23569
Organism
Homo sapiens
Gene type
protein-coding
Official full symbol
peptidyl arginine deiminase 4
Also known as
PAD, PAD4, PADI5, PDI4, PDI5
Genomic regions
Chromosome 1
Summary
This gene is a member of a gene family which encodes enzymes responsible for the conversion of arginine residues to citrulline residues. This gene may play a role in granulocyte and macrophage development leading to inflammation and immune response.
Strategy Summary
This gene has 9 protein coding transcripts：
Transcript Length(nt) Protein Length(aa) Protein name Transcript type Transcript name ccds
NM_012387 2267 NP_036519 663 protein-arginine deiminase type-4 3 CCDS180.1
XM_011541151 1967 XP_011539453 563 protein-arginine deiminase type-4 3 transcript variant X2
XM_011541150 2081 XP_011539452 601 protein-arginine deiminase type-4 3 transcript variant X1
XM_011541156 1275 XP_011539458 386 protein-arginine deiminase type-4 3 transcript variant X7
XM_011541154 1342 XP_011539456 397 protein-arginine deiminase type-4 3 transcript variant X5
XM_011541153 1356 XP_011539455 397 protein-arginine deiminase type-4 3 transcript variant X4
XM_011541155 1840 XP_011539457 392 protein-arginine deiminase type-4 3 transcript variant X6
XM_011541152 1801 XP_011539454 484 protein-arginine deiminase type-4 3 transcript variant X3
XM_047416610 1499 XP_047272566 366 protein-arginine deiminase type-4 3 transcript variant X8
Frame-shift
Fragment A
Fragment B
Strategy

综合难度评估

根据源井生物红棉数据库显示：CRISPR基因编辑方案未知,
KO项目综合难度评估为：未知。
EZ-editor™基因风险评估
EZ-editor™基因表达量
EZ-editor™基因拷贝数

EZ-editor™基因风险评估

评估结果

PADI4基因在0%的细胞中属高风险， 由于您未选择具体细胞，我们无法提供精准分数，仅供参考。

基因致死分数

Dependent Cell Lines Gene Dependency 0 0.5 1

不同细胞中PADI4基因致死分数

0.0%>0.5
所有细胞
0分
非致死基因
0.5分
界限
1分
致死基因
查看详情

EZ-editor™基因表达量

表达结果

PADI4基因在 所有细胞中有 91.8%细胞不表达， 7.3%细胞低表达， 0.9%细胞中表达， 由于您未选择具体细胞，我们无法提供精准分数，仅供参考。

基因的表达量

Cell Lines Frequency log2(TPM+1) 0 2 4 6 8 10 12

不同细胞中PADI4基因表达量TPM

91.8%7.3%0.9%
所有细胞
0~0.5
不表达
0.5~10
低表达
10~1000
中等
>1000
高表达
查看详情

EZ-editor™基因拷贝数

评估结果

PADI4基因在 所有细胞中有 67.5%细胞拷贝数较低， 29.7%细胞拷贝数中等， 2.8%细胞拷贝数较高， 由于您未选择具体细胞，我们无法提供精准拷贝数，仅供参考。

基因的拷贝数

Copy number 0 1 2 3 4 5 6 7 0 100 200 300 400 500 600Cell Lines

不同细胞中PADI4基因拷贝数

67.5%29.7%2.8%
所有细胞
0~2
低拷贝数
2~4
中拷贝数
>4
高拷贝数
查看详情
Work flow
Ubigene Red Cotton Workflow

“源”于此，不止于此

源井生物是一家专注于细胞基因编辑的国际化高新技术企业，独家CRISPR-U™专利技术，编辑效率较传统方法高出10-20倍，可轻松完成细胞的基因敲除、点突变与敲入。基于CRISPR-U™技术，源井生物已积累300多种细胞（含iPS/ES）超6000个基因编辑的成功案例，并拥有5000+KO细胞资源库和上万条 gRNA载体现货库。

源井生物注重技术创新和产品开发，其覆盖基因编辑全流程的EZ-editor™系列产品仍在不断完善，向着“让基因编辑更简单”的企业目标砥砺前行，永不止步！

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